| 平成８年５月 |
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薬学科、製薬化学科を薬学科１学科に、既存の14小講座を医薬化学講座、生物有機化学講座、生体分子機能学講座、細胞生化学講座、医療薬学講座の５大講座に改組し、医療薬学講座に
臨床薬学専門分野を増設 |
| ９年４月 |
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大学院重点化により、分子薬学専攻・機能薬学専攻・生命薬学専攻の３専攻に改組 |
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| 13年４月 |
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寄付講座として創薬理論科学講座（平成13年４月〜同18年３月）が設置。寄付講座として医薬経済学講座（平成13年４月〜同18年３月）が設置 |
| 14年９月 |
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寄付講座としてファーマコビジネス・イノベーション講座（平成14年９月〜同19年８月）が設置 |
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| 15年４月 |
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分子薬学専攻に創薬科学連携客員講座が新設 |
| 16年３月 |
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薬学系総合研究棟が竣工 |
| 16年４月 |
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総長裁量により生命薬学専攻に医薬品評価科学講座が新設 |
| 16年 |
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塩野義製薬との共同研究に基づき、産学連携共同研究室を設置 |
| 16年10月 |
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寄付講座として医薬品情報学講座（平成16年10月〜平成21年9月）が設置 |
| 18年2月 |
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薬学系総合研究棟II期が竣工 |
| 18年4月 |
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従来の薬学科を廃止し、薬科学科（四年制）、薬学科（六年制）が設置（18年大学入学者から適用）
医療薬学講座に臨床分子解析学教室が設置
寄付講座として医薬政策学（東和薬品）講座（平成18年4月〜同23年3月）が設置 |
| 19年4月 |
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寄付講座としてアステラス創薬理論科学講座（平成19年4月〜同24年3月）が設置 |
| 20年4月 |
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統合薬学専攻が設置、同専攻に蛋白質代謝学教室が設置
東京大学薬学部創立50周年式典（帝国ホテル・4月25日） |
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| 22年4月 |
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大学院修士課程は、従来の4専攻を廃止し、薬科学専攻を設置
統合解析学講座に、基礎有機化学教室を設置 |
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| 24年4月 |
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大学院博士後期課程は、従来の4専攻を廃止し、薬科学専攻（修業年限３年）を設置
６年制の薬学科を対象とした薬学博士課程薬学専攻（修業年限４年）を設置 |
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| 24年10月 |
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寄付講座として疾患細胞生物学講座（平成24年10月〜）が設置 |
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